Irmão de Guilherme Stephens, nasceu em Inglaterra na cidade de Exeter, a 29 de Janeiro de 1748, filho de Oliver Stephens e Joana Smith. Tinha três irmãos.
Tendo ficado orfão, foi recolhido no Hospital de Cristo, em Londres, onde se manteve até aos seis anos.
Faleceu em Lisboa no dia 12 de Novembro de 1826. Não deixou descendentes.
Por volta de 1754, veio para Lisboa viver com os irmãos. Pelas razões já expostas nas notas bibliográficas de Guilherme Stephens, João Diogo passou a mocidade cheia de dificuldades, amenizadas pelo afecto de Guilherme pelos irmãos, que educou e preparou para a vida.
Em 12 de Dezembro de 1776, João Diogo foi admitido corno membro da Feitoria inglesa em Lisboa, mostrando grande capacidade para os negócios. Chegou a ser uma figura preponderante na banca de Lisboa, devido às acções de que dispunha nas fortes organizações do País e estrangeiras. Representava a Fábrica em Lisboa.
João Diogo sempre teve pelo irmão grande respeito e admiração, deixando-lhe toda a iniciativa em relação aos problemas da Fábrica. Logo que teve conhecimento da sua morte, mandou encerrar o seu escritório em Lisboa e recomendou que ninguém lá entrasse. Só vinte e três anos depois os seus próprios testamenteiros lá entraram, encontrando vários documentos já sem valor, entre os quais "letras" por cobrar.
João Diogo Stephens nunca esqueceu as dificuldades por que passou na sua meninice e adolescência, o que reforçou em si uma personalidade forte no campo social. Criou na fabrica uma obra social ímpar; aquando da carestia de 1801, mandou importar milhares de alqueires de milho, que distribuiu gratuitamente; aquando da guerra com Espanha, ofereceu voluntariamente ao Estado a importante quantia de 15 000 cruzados para acudir as dificuldades originadas por esse conflito, 'que punha em risco a independência do País.
Como se sabe, João Diogo Stephens deixou a Fábrica à Nação Portuguesa. O seu testamento vem publicado na integra no livro comemorativo do II Centenário da Real Fábrica de Vidros.
Ao contrário do seu desejo, não está sepultado ao lado do seu irmão Guilherme, mas sim do outro irmão, Luiz, ambos colocados no mausoléu mandado erigir pelo primo e testamenteiro Charles Lyne Stephens, no Cemitério Inglês de Lisboa, onde esta registado o seguinte epitáfio:
"Sacred to the memory of John James Stephens, Esq., who has born at Exeter, 29 Jan. 1748, old style, died at Lisbon, 12 Nov. 1826; new style, always unostentatious but ever conspicuous, for Honour and Integrity, Benevolence, Hospitality and affability, and for the most extraordinarily Equability an Placidity of Temper. For these he may be equalled, he cannot be exceeded. This token of love and esteem was created by this devotes and faithful cousin and companion of many years."
Também a Marinha Grande chorou a morte de João Diogo Stephens.
A edilidade marinhense não esqueceu o insigne inglês, atribuindo o seu nome a uma artéria da Vila mais vidreira de Portugal.