Nasceu em 15 de Janeiro de 1855, filho de José Ferreira Custódio e de Joaquina de Jesus Ferreira Custódio, na Marinha Grande, onde viria também a falecer, em 18 de Abril de 1919.
Muito novo ainda, seguiu o exemplo do pai, construindo várias fábricas. Assim, fundou em 1890 uma fábrica de sulfato e carbonato de soda, destinados à fabricação do vidro. Em 1894, em sociedade com António Ferreira Custódio e seus cunhados António Oliveira Morais e João Custódio de Morais, fundou a Fábrica Central.

José Ferreira Custódio Júnior pode considerar-se ter sido um dos maiores vultos da Marinha Grande, pois sempre lutou denodadamente pelo seu desenvolvimento e defesa. Fundou e dirigiu o primeiro jornal marinhense, Autonomia, em 1889, que lhe serviu para lutar, como o nome indica, pela autonomia da Marinha Grande, que era simplesmente uma freguesia do concelho de Leiria. Nesse jornal, defendeu a criação de uma escola de desenho e de um hospital. Foi co-fundador da Sociedade Filomática e da sua Caixa Económica.

Chegou a fazer a cobrança das contribuições, de graça, para evitar a deslocação dos contribuintes a Leiria. Ensinou gratuitamente em cursos nocturnos. Foi-lhe oferecida a Comenda de Mérito Industrial, que recusou a favor de outro industrial.

Tem uma rua com o seu nome.